Malgré le relief, la capitale inca s’organise selon un tracé orthogonal. Le plan en damier et la place centrale, lieu de départ des quatre routes qui reliaient Cusco aux provinces de l’empire, ne sont pas si éloignés des principes urbanistiques de la Renaissance appliqués aux villes du Nouveau Monde. C’est ainsi qu’au XVIe siècle, la plaza de Armas peut se superposer à la place inca et que, avec les autres places urbaines, le tracé des rues est préservé par les nouveaux planificateurs.

Sous les Incas, Cusco avait été une cité aux places bordées de façades de pierre massive. Avec le tracé des rues, les coloniaux ont préservé la base des édifices de maçonnerie, et de nombreuses rues étroites et dallées se présentent, entre deux murailles de maçonnerie inca (surmontées d’immeubles coloniaux), comme des couloirs de pierre. Les églises à coupole, empruntant aux styles baroque et métis, s’imposent sur les places urbaines. Des maisons d’habitation basses, aux façades chaulées, composent les quartiers plus éloignés du centre.